Le Millénaire s'est terminé avec un grand succès à l'établissement correctionnel d'État d'Oswald, niveau quatre - alias Emerald City - alors que les tensions raciales atteignaient un niveau record. Maintenant, après un verrouillage de deux semaines et la nomination d'un nouveau chef d'unité, les choses changent définitivement, mais pas nécessairement pour le mieux. Les autorités pénitentiaires cherchent des moyens de mettre fin aux hostilités et de ramener Emerald City à la normale... mais quand est-ce qu'Em City a été normale ? Et si quelqu'un pense que le pire est passé pour Oz, ils ont tort - ils ont tous tort...
Épisode 1
Cyril O'Reily est hanté par la mort de Hamid Kahn. Son frère, Ryan, demande l'aide de Sœur Peter Marie. Beecher essaie de se racheter de la mort du fils de Schillinger...
Épisode 2
O'Reily et Stanislofsky forment une alliance plutôt étrange. Le nouveau détenu de la Cité d’Émeraude se révèle être un policier. Alvarez et Busmalis tentent une évasion souterraine...
Épisode 3
La tension monte à Emerald City. Après avoir échappé à plusieurs tentatives d'assassinat, Miguel Alvarez parvient à s'évader de OZ. De son côté, Tobias Beecher attend le retour de Keller et organise une rencontre entre Schilinger et son fils. Ryan, quant à lui, accepte un face à face avec la famille du mari de Gloria dont il avait commandité le meurtre...
Épisode 4
Beecher décide de mener sa propre enquête sur le kidnapping de ses enfants. Pendant ce temps, Shirley Bellinger vit ses dernières heures avant son exécution. Alors que le docteur Nathan demande au directeur Glynn de reprendre le travail, Ryan O'Reilly tente d'obtenir l'exclusivité du téléphone portable qui circule dans Emerald City...
Épisode 5
Mobay reçoit l'ordre d'assassiner un autre détenu, Goergen, un ancien flic corrompu. Rebadow est à nouveau pris d'une envie de tuer. Quant à McManus, il reçoit un étrange coup de téléphone...
Épisode 6
Une enquête est ouverte après le meurtre de Goergen et les premiers soupçons se portent sur Mobay. De son côté, Querns ferme les yeux sur les débordements de la communauté afro américaine de OZ. Ginzburg trop faible demande à ce que son exécution soit avancée. Pendant ce temps, la fille de Beecher est retrouvée vivante tandis que Keller décide de se confesser au père Mukada...
Épisode 7
Les charges retenues contre Schilinger donnent suite à un non-lieu. Beecher jure de se venger. Redabow s'évanouit et les médecins diagnostiquent une tumeur au cerveau. Ryan O'Reilly entretient une relation avec l'officier Claire Howell...
Épisode 8
Keller et O'Reilly élaborent un plan pour mettre fin au règne de Querns et Adebisi sur Emerald City. Schillinger reçoit la visite de la femme de Hank et apprend que ce dernier sera bientôt grand-père. Adebisi est trahi par Said. McManus réintègre la prison...
Épisode 9
Une équipe de télévision arrive à Oz pour faire un reportage. La productrice Lisa Logan est une vieille ennemie de O'Reilly. Lorsqu'il la reconnaît, il prépare sa vengeance. Selon plusieurs détenus, toute la vérité n'aurait pas été révélée sur la mort soudaine d'Adebisi. Logan commence alors à creuser la question, ce qui inquiète McManus...
Épisode 10
O'Reilly est surpris de voir que le docteur Nathan est de retour. Busmalis demande à Norma de l'épouser. Tidd est prêt à tuer Said pour Schillinger. Glynn engage une nouvelle assistante qui suscite l'intérêt de tous...
Épisode 11
Alvarez fait pression sur Glynn pour qu'il devienne son informateur. Les détenus se portent volontaires pour servir de cobayes et tester les effets d'une drogue qui fait vieillir... Robson et Hoyt préviennent le révérend Cloutier de ne plus s'approcher de Schillinger, qui s'est plongé dans la Bible...
Épisode 12
O'Reily ressent les effets de la drogue qui accélère le vieillissement. L'expérience est brutalement interrompue après la mort de Wick. Tidd tente de tuer Said mais sa conscience l'en empêche...
Épisode 13
La famille de Wick porte plainte contre la prison suite au décès de ce dernier. Le Dr Nathan fait donc l'objet d'une enquête... O'Reilly reçoit la visite surprise de sa mère. Schillinger annonce à Carrie la mort de Hank. Choquée, Carrie a des contractions et accouche à la prison...
Épisode 14
McManus ordonne à Reding et Morales de faire une trêve. Basil reçoit la visite de sa femme. Soeur Pete organise un entretien téléphonique entre Beecher et Keller. Schillinger rencontre sa petite fille. Said demande à Cloutier de parler à l'homme qui a tué Tidd. Jenkins lui confesse que Robson l'a engagé pour tuer Said...
Épisode 15
Guerra informe McCanus que White prend toujours de la drogue. McCanus ordonne que sa cellule soit fouillée. Le gouverneur Devlin ne sait pas si il doit accepter la demande de Giles qui veut être drogué jusqu'à en mourir. Connolly, un nouveau détenu, fait un pacte dangereux avec O'Reilly...
Épisode 16
La Nouvelle Eglise demande à Cloutier de démissionner. Kirk engage les motards pour l'emmurer vivant. Hugues essaie de tuer Glynn, mais c'est lui qui se fait tuer. Schillinger apprend que Beecher va être mis en liberté conditionnelle et il engage un tueur...